A E. F. Sorocabana foi fundada em 1872, e o primeiro trecho da linha foi aberto em 1875, até Sorocaba. A linha-tronco se expandiu até 1922, quando atingiu Presidente Epitácio, nas margens do rio Paraná. Antes, porém, a EFS construiu vários ramais, e passou por trocas de donos e fusões: em 1892, foi fundida pelo Governo com a Ytuana, na época à beira da falência. Em 1903, o Governo Federal assumiu a ferrovia, vendida para o Governo paulista em 1905. Este a arrendou em 1907 para o grupo de Percival Farquhar, desaparecendo a Ytuana de vez, com suas linhas incorporadas pela EFS. Em 1919, o Governo paulista voltou a ser o dono, por causa da situação precária do grupo detentor. Assim foi até 1971, quando a EFS foi uma das ferrovias que formaram a estatal FEPASA. O seu trecho inicial, primeiro até Mairinque, depois somente até Amador Bueno, desde os anos 20 passaram a atender principalmente os trens de subúrbio. Com o surgimento da CPTM, em 1994, esse trecho passou a ser administrado por ela. Trens de passageiros de longo percurso trafegaram pela linha-tronco até 16/1/1999, quando foram suprimidos pela concessionária Ferroban, sucessora da Fepasa. A linha está ativa até hoje, para trens de carga.